La EC ocasiona en la persona afectada una atrofia en las vellosidades del intestino delgado lo que desencadena en una malabsorción de nutrientes, pero una vez diagnosticada y comenzado el tratamiento que se basa en una alimentación libre de gluten (avena, cebada, centeno, trigo, kamut, espelta, tritlicae y derivados) las lesiones y la sintomatología desaparecen.

Si bien, al hacer esto casi todos los enfermos de EC presentan una notoria mejoría y la consecuente normalización de la mucosa intestinal, pero queda un remanente de entre el 5 y el 30% de los casos en que no la experimentan, lo que se considera como una reacción atípica denominada enfermedad celíaca refractaria.

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